Лабораторные и экспериментальные исследования. Рубрика в журнале - Сибирский онкологический журнал
Встречаемость мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 у больных раком поджелудочной железы
Статья научная
Мутации в генах BRCA1 и BRCA2 могут играть роль в формировании риска рака поджелудочной железы (РПЖ), однако критерии включения пациентов в BRCA-диагностику остаются неясными. Присутствие повторяющейся мутации BRCA1 5382insC анализировалось у 150 больных РПЖ, при этом выявлено 2 носителя упомянутого аллеля. Полный анализ кодирующей области гена BRCA2 выполнен у 8 пациентов, обнаружен 1 дефектный вариант (BRCA2 5197_5198delTC). Все 3 больных с мутацией имели собственный или семейный анамнез BRCA-ассоциированных онкологических заболеваний. Таким образом, BRCA-тестирование случаев РПЖ целесообразно ограничить только теми пациентами, у которых имеются клинические признаки наследственного характера заболевания
Бесплатно
Выявление соматических мутаций в гене BRAF методом пиросеквенирования
Статья научная
Введение. Определение соматических мутаций в гене BRAF может применяться в клинике для уточнения диагноза, выбора терапии и оценки прогноза заболевания. Технология пиросеквенирования позволяет выявлять как уже известные, так и новые мутации, а также определять долю мутантного аллеля в образце. Цель исследования - разработка методики для выявления мутаций в 592-601 кодонах гена BRAF с помощью пиросеквенирования. Материал и методы. Определяли нуклеотидную последовательность с использованием системы генетического анализа «PyroMark Q24». Аналитические характеристики методики определяли на разведениях образцов плазмидной ДНК, включающих участок гена BRAF без мутаций или с одной из мутаций V600E, V600R, V600K, V600M, К601Е. Апробацию провели на 200 образцах биологического материала из узловых образований щитовидной железы. результаты. Разработанная методика позволяет определять образцы, содержащие 2 % мутантного аллеля для мутаций V600K и V600R, 3 % для V600E и V600M и 10 % для K601E. Значения сигнала для образцов без мутаций составили для разных мутаций от 0 до 19,5 %. Разработан алгоритм анализа для подтверждения наличия и дифференцировки мутаций в 600 кодоне на основе соотношения сигналов на пирограмме при низкой доле мутантного аллеля. При тестировании узловых образований щитовидной железы было обнаружено 47 образцов с мутациями, из них 45 с V600E и 1 с V600_K601>E, для одного образца не удалось установить тип мутации в 600 кодоне. Доля мутантного аллеля составляла 3,5-45 %. Концентрация выделенной ДНК менее 10 копий/мкл была получена в 47 образцах, из них в 8 образцах была обнаружена мутация. заключение. Разработана методика для выявления соматических мутаций в 592-601 кодонах гена BRAF. Методика обеспечивает достаточную чувствительность для выявления частых мутаций в 600 кодоне и позволяет определять редкие мутации. Выделение ДНК из образцов, полученных при тонкоигольной аспирационной биопсии, в большинстве случаев обеспечивало достаточную концентрацию ДНК, что позволяет использовать методику в комплексе с цитологическим анализом без дополнительного забора материала. Использованный подход может быть применен для определения соматических мутаций во фрагментах ДНК сопоставимой длины для других онкогенов.
Бесплатно
Генетический полиморфизм забрюшинных миксоидных липосарком
Статья научная
Цель исследования - выявление новых молекулярно-генетических маркеров и терапевтических целей при забрюшинных миксоидных липосаркомах. Материал и методы. В качестве материала для исследования были использованы образцы ДНК, выделенные из опухолевой ткани, полученной из срезов парафиновых блоков. Экстракция ДНК производилась с помощью набора «GeneRead DNA FFPE Kit (50)» (Qiagen). Молекулярно-генетическое исследование проводилось методом высокопроизводительного секвенирования (NGS) с использованием коммерческой панели для целевого обогащения генов GeneReader Actionable Insights Tumor Panel (GRTP - 101X) на платформе QCI Analyser version 1.1 (Qiagen), позволяющей анализировать 12 генов, вовлеченных в канцерогенез: KRAS, NRAS, KIT, BRAF, PDGFRA, ALK, EGFR, ERBB2, PIK3CA, ERBB3, ESR1, RAF1. Результаты. Таргетное секвенирование забрюшинных неорганных миксоидных липосарком продемонстрировало генетическую гетерогенность. Нами впервые выявлены мутации и полиморфные варианты в генах EGFR, PIK3CA, ALK, BRAF,ERBB2/3, ESR1, KIT, PDGFRA. Заключение. Данное исследование демонстрирует широкий спектр молекулярно-генетических перестроек при забрюшинных неорганных миксоидных липосаркомах. Синонимичные мутации в генах EGFR (Q787Q) и PDGFRA (P567P) выявлены во всех случаях (100 %), миссенс-мутация в гене ERBB2 (P1170A) и синонимичные мутации в генах ALK (G845G) и BRAF (G643G) - в 75 %, а миссенс-мутация в гене PIK3CA (I391M) обнаружена в 25 % случаев. Представленные в работе полиморфизмы генов, вероятнее всего, вовлечены в канцерогенез ретроперитонеальных миксоидных липосарком. Необходимы дальнейшие исследования с включением большего количества пациентов и многофакторным анализом отдаленных результатов лечения.
Бесплатно
Статья научная
Статья посвящена изучению особенностей экспрессии маркеров, ассоциированных с инвазивным клеточным ростом, при раке молочной железы. В исследование был включен операционный материал от 107 пациенток с инвазивной карциномой неспецифического типа молочной железы, не получавших неоадъювантной терапии. В ходе исследования было выявлено, что ряд маркеров, имеющих отношение к инвазивному опухолевому росту, характеризуется наличием выраженного гетерогенного характера экспрессии во всех исследованных случаях. Изучение экспрессионных особенностей маркеров, связанных с инвазией при карциноме молочной железы, показало, что способностью к инвазивному росту в разные временные периоды обладают не все клетки, однако сам факт выявления позитивной экспрессии изучаемых маркеров в ткани новообразования указывает на наличие более агрессивных свойств и высокий потенциал опухоли к осуществлению инвазии.
Бесплатно
Статья научная
Статья посвящена изучению особенностей экспрессии маркеров, ассоциированных с инвазивным клеточным ростом, при раке молочной железы. В исследование был включен операционный материал от 107 пациенток с инвазивной карциномой неспецифического типа молочной железы, не получавших неоадъювантной терапии. В ходе исследования было выявлено, что ряд маркеров, имеющих отношение к инвазивному опухолевому росту, характеризуется наличием выраженного гетерогенного характера экспрессии во всех исследованных случаях. Изучение экспрессионных особенностей маркеров, связанных с инвазией при карциноме молочной железы, показало, что способностью к инвазивному росту в разные временные периоды обладают не все клетки, однако сам факт выявления позитивной экспрессии изучаемых маркеров в ткани новообразования указывает на наличие более агрессивных свойств и высокий потенциал опухоли к осуществлению инвазии.
Бесплатно
Гистоновый код и эпигенетическая регуляция гена PTEN в злокачественных глиомах
Статья научная
Представлен анализ транскрипционной активности PTEN в 7 первичных культурах глиом с помощью 2 эпигенетических мар- керов посттрансляционных модификаций гистона Н3: Н3К9me3 и Н3К4ас. Продемонстрировано наличие маркера подавления транскрипционной активности Н3К9me3 вблизи сайтов инициации транскрипции гена PTEN (1-й экзон) в подавляющем боль- шинстве (6 из 7) исследованных клеточных линий. Маркер активной транскрипции Н3К4ас в области 1-го экзона нами обнаружен только в одной клеточной линии. В области гена PTEN, кодирующей фосфотазный домен (5-й экзон), модификация Н3К9me3 зафиксирована во всех проанализированных линиях глиом. Анализ статуса ацетилирования гистона Н3 в данной области PTEN показал полное отсутствие модификации Н3К4ас. Полученные результаты указывают на подавление транскрипционной активности гена PTEN в абсолютном большинстве (6 из 7) клеточных линий глиом посредством измененного гистонового кода. Кроме того, по всей видимости, они свидетельствуют о значительной универсальности эпигенетических механизмов регуляции экспрессии антионкогена PTEN в глиомах.
Бесплатно
Диагностика рака предстательной железы
Статья научная
Представлены результаты исследования уровня простатоспецифического антигена 2279 пациентов. Уровень ПСА более 4 ng/ml явился показанием к проведению трансректальной пункционной биопсии простаты. Цитологическое исследование полученного материала проведено у 194 (8,5 %) больных, при этом рак предстательной железы диагностирован в 145 (74,7 %), доброкачественная гиперплазия предстательной железы - в 49 (25,3 %) случаях. Выявленный рак предстательной железы был представлен аденокарциномой разной степени дифференцировки. Проведено исследование плоидности опухолевых клеток из архивного материала у 23 больных РПЖ. Преобладали анеуплоидные опухоли (76,0 %), более половины (64,8 %) из них содержат свыше 70 % анеуплоидных клеток
Бесплатно
Динамика проницаемости кишечника у онкологических больных в периоперационном периоде
Статья научная
Слизистая оболочка кишечника является защитным барьером организма, препятствующим проникновению в системный кровоток бактериальных агентов и их токсинов, вызывающих развитие воспалительной реакции. В работе оценена динамика кишечной проницаемости у онкологических и кардиохирургических больных в периоперационном периоде с помощью метода неметаболизируемых сахаров (лактулоза-маннитол). Выявлено, что уровень экскреции лактулозы и маннитола повышен у онкологических больных с развившимися послеоперационными осложнениями как до, так и после операции, что свидетельствует о повышенной кишечной проницаемости у данной группы пациентов. Можно предположить, что проникающий, вследствие повышенной кишечной проницаемости, в кровь бактериальный липополисахарид индуцирует ответ эффекторов врожденного иммунитета, на фоне уже активированной иммунной системы приводит к развитию системной воспалительной реакции. Поэтому оценка трансинтестинальной проницаемости может рассматриваться в качестве прогностического фактора неблагоприятного течения раннего постоперационного периода у онкологических больных.
Бесплатно
Статья научная
У больных злокачественными новообразованиями околоушных слюнных желез исследованы частота и спектр хромосомных нарушений и микроядер в лимфоцитах периферической крови при лечении быстрыми нейтронами. Впервые зарегистрирован мутагенный эффект нейтронной терапии, формируемый, главным образом, за счет радиационно-индуцированных хромосомных аберраций. Статистически значимое повышение частоты аберрантных метафаз, аберраций хромосомного типа, парных фрагментов и общего числа микроядер в ходе лечения поднимает вопрос о возможности использования данных цитогенетических показателей для биоиндикации лучевой нагрузки при нейтронной терапии.
Бесплатно
Статья научная
Показано, что разработанная для инъекционного применения лекарственная форма α(1,2)-L-рамно-α(1,4)-Dгалактопиранозилуронана из корневищ аира болотного ( Acorus calamus L. ) при внутривенном введении повышает противоопухолевую и антиметастатическую эффективность циклофосфана у мышей с карциномой легких Льюис, раком легкого-67 и меланомой В-16.
Бесплатно
Статья научная
Цель исследования - выявить перечень жирных кислот (ЖК) мембран эритроцитов и сыворотки крови, которые могут служить потенциальными биомаркерами ранних стадий колоректального рака. Материал и методы. Обследованы 65 пациентов с КРР I-II стадий (средний возраст - 63,3 ± 9,6 года), из них 30 мужчин, 35 женщин, и 35 человек группы сравнения, сопоставимых по возрасту и полу. Исследование состава жирных кислот мембран эритроцитов и сыворотки крови проведено с помощью ГХ/МС системы на основе трех квадруполей Agilent 7000B (США). Для статистической обработки использованы методы программного обеспечения MATLAB (R2019a, MathWorks) и языка программирования R: T-тест, анализ главных компонент (PCA), Fold Change, Volcano plot, метод машинного обучения (Random Forest), ROC-анализ, построение тепловых карт (Heatmap). Результаты. У пациентов с КРР I-II стадий выявлено снижение уровней насыщенных, отдельных мононенасыщенных и высокодостоверное повышение большей части уровней полиненасыщенных ЖК с преобладанием омега-3. Для большей части уровней жирных кислот достоверные различия в группах касались мембран эритроцитов с той же тенденцией в сыворотке крови. Уровни эритроцитарных миристиновой, пентадекановой, 7-пальмитолеиновой, отношения насыщенные/полиненасыщенные ЖК (содержание которых достоверно ниже при КРР I-II стадий, чем в контроле) и уровни α-линоленовой, эйкозапентаеновой, докозапентаеновой, докозагексаеновой, суммы омега-3 ЖК, EPA + DHA, докодиеновой, дигомо-γ-линоленовой, докозатетраеновой ЖК (содержание которых достоверно выше при КРР, чем у здоровых) являются дифференцирующими при различении больных КРР I-II стадий и здоровых лиц. В сыворотке крови уровень биомаркеров имели следующие ЖК: арахидоновая, миристиновая, докозагексаеновая, сумма омега-3 ПНЖК, отношение омега-6/омега-3 ПНЖК, пентадекановая, докозапентаеновая и докодиеновая. Модель, включающая перечень жирных кислот (С14:0, С15:0, С16:1;7, С18:3 n-3, C20:2 n-6, C20:3 n-6, C20:5 n-3, C22:4 n-6,C22:5 n-3, C22:6 n-3, сумма омега-3, омега-3(EPA + DHA), отношение насыщенные/полиненасыщенные ЖК, обеспечила AUC 0,916 со специфичностью 0,90, чувствительностью 0,95 при различении пациентов с КРР I-II стадий от здоровых лиц. Заключение. Изучение уровней и соотношений жирных кислот в мембранах эритроцитов и сыворотке крови следует считать перспективным направлением в поиске биомаркеров для ранней диагностики КРР.
Бесплатно
Статья научная
Изучена заболеваемость и смертность от злокачественных новообразований населения в поселках, расположенных в зоне влияния Сибирского химического комбината (СХК). Выявлена неоднозначная картина распространения онкологической заболеваемости. Онкологическая заболеваемость в населенных пунктах, расположенных в северном и северо-восточном направлении от комбината, выше, чем в контрольных районах. В 6 населенных пунктах Наумовского поселкового совета, располагающихся в 30-километровой зоне действия СХК с наветренной стороны, показатели заболеваемости злокачествен- ными новообразованиями соответствовали таковым в популяциях г. Северска и Томской области в целом. В структуре онкологической заболеваемости мужского населения лидирующие позиции занимали злокачественные новообразования легкого и желудка, у женщин - рак молочной железы, желудка и печени. Смертность от ЗНО занимала 4-е место среди причин смерти населения. Чаще всего летальный исход наблюдался от рака легкого (16,7 %) и желудка (16,7 %).
Бесплатно
Статья научная
Введение. Высокие показатели заболеваемости колоректальным раком и летальности от этого заболевания свидетельствуют об острой необходимости применения новых высокоспецифичных диагностических и прогностических молекулярных маркеров. В этом аспекте особый интерес представляют раково-тестикулярные антигены. Целью исследования явился анализ транскрипционной активности генов раково-тестикулярных антигенов у больных колоректальным раком с наличием метастазов (t1-4N1-2m1-2) и без них (t1-3N0m0) и её связи с отдаленной выживаемостью. Материал и методы. Величины относительной экспрессии 16 генов (MAGE-A1, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-B1, MAGE-B2, GAGE-1, GAGE-3, GAGE-4, MAGE-C1, BAGE, XAGE3, NY-ESO1, SSX2, SCP1, PRAME1) определяли методом ПЦР в режиме реального времени. результаты. Обнаружены статистически значимое (р
Бесплатно
Статья научная
Описаны особенности экспрессии белка-транслокатора (TSPO) и цитохрома P450scc (CYP 450scc) у больных почечно-клеточным раком (ПКР). Установлена зависимость уровня экспрессии TSPO от стадии и гистологического варианта рака почки. Изменение уровня экспрессии CYP 450scc в клетках опухоли свидетельствует об изменении выраженности стероидогенеза при различных гистотипах ПКР. Полученные данные важны для понимания патогенеза рака почки, а также могут иметь прогностическое значение.
Бесплатно
Защитное действие темпола при облысении, вызываемом циклофосфамидом у мышей
Статья научная
В эксперименте установлено, что 4-Гидрокси-2,2,6,6-тетраметилпиперидин-1-оксил (Темпол) при предварительном введении (за сутки) значительно уменьшает степень алопеции, вызываемой циклофосфамидом у подсосных мышат, при одновременном введении Темпола и цитостатика подобного явления не наблюдается. Обсуждается возможность клинического использования Темпола для профилактики алопеции, развивающейся при цитостатической терапии.
Бесплатно
Статья научная
Проанализировано влияние СО-высвобождающего соединения CORM-2 на ключевые молекулы-регуляторы G1 фазы клеточного цикла (циклин D1, белок ретинобластомы, протеин-ингибитор р21) клеток линии Jurkat. Показано, что донор СО вызывает задержку клеток в G1 фазе клеточного цикла на фоне увеличения содержания циклина D1 и фосфорилированной формы Rb. Анти-пролиферативное действие монооксида углерода не было опосредовано повышением содержания белка р21.
Бесплатно
Изменение профиля метилирования ДНК в тамоксифен-резистентных сублиниях клеток MCF-7
Статья научная
Введение. Ранее мы показали возможность горизонтального распространения гормональной резистентности от клетки к клетке при совместном культивировании чувствительных и резистентных клеток и/или через экзосомы, секретируемые резистентными клетками. Каков механизм подобного распространения резистентности, и в какой мере клетки со вторичной резистентностью воспроизводят характеристики донорских резистентных клеток - для ответа на эти вопросы был проведен анализ общего уровня метилирования ДНК в клетках эстрогензависимого рака молочной железы MCF-7 и эстрогеннезависимых сублиниях. Цель исследования - изучение профиля метилирования ДНК при развитии гормональной резистентности и его значения в закреплении резистентного фенотипа клеток рака молочной железы. Методы. Метилирование ДНК исследовали методом RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) в клетках рака молочной железы MCF-7 и резистентных сублиниях. Результаты. Выявлено 19 динуклеотидов CpG, дифференциально и в целом однонаправленно метилированных в клетках c первичной и вторичной резистентностью к тамоксифену. Дифференциальное изменение метилирования было обнаружено для участков ДНК, регулирующих экспрессию шести белок-кодирующих генов: PRKCZ, TRAPPC9, ASIC2, C2CD4a, ZNF787, CRTAC1. Проведенный биоинформатический анализ показал, что два из этих шести генов, PRKCZ (protein kinase С Zeta) и TRAPPC9 (Trafficking Protein Particle Complex Subunit 9), напрямую вовлечены в регуляцию активности NF-kB. Заключение. Полученные данные свидетельствуют о существовании общих паттернов ДНК, метилирование которых изменяется в одном направлении в клетках с первичной и вторичной резистентностью. Участие двух из идентифицированных генов в регуляции NF-kB может свидетельствовать о включении последнего в формирование резистентного фенотипа опухолевых клеток, в том числе в условиях горизонтального переноса резистентности.
Бесплатно
Статья научная
Введение. Известно, что нарушение функции щитовидной железы связано с более высоким риском развития рака. Целью исследования явилось изучение уровня гормонов тиреоидной оси в гипоталамусе, гипофизе, щитовидной железе и сыворотке крови мышей линии Balb/c Nude обоего пола как при самостоятельном варианте роста меланомы B16/F10 и опухоли Льюиса, так и при сочетанном их варианте. Материал и методы. Самцы и самки мышей Balb/c Nude были разделены на группы: 1 - интактные (n=7); 2 - рост меланомы B16/F10 (n=7), 3 - рост карциномы Льюиса (LLC) (n=7), 4 - сочетанный рост меланомы и LLC (n=7). В гомогенатах гипоталамуса, гипофиза, щитовидной железы, в сыворотке крови животных всех групп методом РИА определяли уровень тиреотропного гормона (ТТГ), трийодтиронина (fT3), тироксина (fT4); методом ИФА - содержание ТГ-рилизинга. Статистическую обработку результатов проводили с помощью программы Statistica 10.0. Результаты. В гипоталамусе мышей при всех вариантах роста опухолей происходит снижение относительно показателей в интактной группе уровня ТГ-рилизинга. Изменение уровня ТТГ в ткани гипофиза и щитовидной железы обнаружено только у самцов при сочетанном варианте роста опухолей (увеличение в 2,8 и 1,5 раза соответственно). Уровень свободных форм гормонов в щитовидной железе у животных обоего пола резко возрос, что сопровождалось увеличением уровня ТТГ в сыворотке крови и, как следствие, снижением уровня 1Т3 и 1Т4. Заключение. У самок и самцов мышей Balb/c Nude исследуемых групп имеет место гипоталамическая дисфункция, выражающаяся, помимо отсутствия регуляции в связи гипоталамус-гипофиз-щитовидная железа, еще и гипотиреоидным состоянием животных.
Бесплатно
Статья научная
Изучена химотрипсинподобная и каспазоподобная активность протеасом в тканях рака молочной железы от 74 больных РМЖ. Показано, что при РМЖ химотрипсинподобная и каспазоподобная активности протеасом в опухолевой ткани выше по сравнению с неизмененной тканью. Выявлено, что при большей распространенности опухолевого процесса увеличивается активность протеасомной системы. В то же время при обширном лимфогенном метастазировании наблюдается значительное угнетение активности протеасом, что в дальнейшем может рассматриваться в качестве неблагоприятного прогностического признака. Кроме того, выявленная динамика функционирования протеасомной системы в зависимости от распространенности онкологического процесса свидетельствует о важной роли внутриклеточного протеолиза в прогрессировании рака молочной железы
Бесплатно
Статья научная
Изучено влияние ряда полиморфных замен в генах антиоксидантной системы (SNPsrs1050450 гена GPX1, rs1695 и rs1138272 гена GSTP1 и rs4880 гена MnSOD) на риск развития рака предстательной железы у мужчин, проживающих в Сибирском регионе России. Проведен анализ взаимосвязи исследуемых генотипов с клиническими параметрами (стадией заболевания и уровнем ПСА). С этой целью сравнили частоту встречаемости исследуемых аллельных вариантов у 392 пациентов с раком простаты и у 344 мужчин без онкологических заболеваний в анамнезе. Генотипирование выполнялось при помощи ПЦР в режиме реального времени. Ни для одного из исследуемых SNPs не было получено статистически значимой ассоциации с риском развития рака предстательной железы (p>0,05). Для SNPrs1695 гена GSTP1 получена корреляция со стадией заболевания: генотип GG статистически значимо чаще встречается у больных раком простаты III–IV стадий (OR[C.I.]=2,66 [1,15–6,18], p=0,02). Оба исследуемых SNPs гена GSTP1 ассоциированы с уровнем простат-специфического антигена (ПСА) в крови: генотип GG rs1695 и генотип TT rs1138272 ассоциированы с более высокими показателями ПСА (p=1,5×10 -3).
Бесплатно
