Лабораторные и экспериментальные исследования. Рубрика в журнале - Сибирский онкологический журнал
Статья научная
PCR clamping/wild-type blocking PCR with non-extendable locked nucleic acid (LNA) oligonucleotides is used for sensitive detection of somatic mutations in tumors. Various versions of the technique use different DNA polymerases and LNA oligonucleotides with and without additional phosphorothioate modifications. Here we studied requirements for successful PCR clamping with LNA oligonucleotides and Taq DNA polymerase for analysis of mutations in KRAS and bRAF genes by means of real-time PCR and Sanger sequencing. We found that addition of phosphorothioate linkages at the 5’-end of LNA oligonucleotide to protect from 5’-exonuclease activity of Taq DNA polymerase did not improve clamping. For most target sequences, efficient clamping was observed at melting temperature of LNA oligonucleotide 20-25°C above annealing/extension temperature of the PCR with a 2-step protocol. Under such conditions, simple and sensitive detection of mutations in KRAS and bRAF genes was feasible using real-time PCR with TaqMan probes or Sanger sequencing.
Бесплатно
Study of dendritic cell migration using CELL-IQ analysis system
Статья научная
Dendritic cells (DCs) belong to specialized pool of antigen-presenting cells with high functional plasticity and manifest with immunostimulatory or immunosuppressive potential depending on sequence and combination of microenvironment stimuli, which determine their differentiation, maturation and activation. The use of antitumor DCs vaccines is based on the ability of DCs specifically activated in vitro migrate for antigen presentation to T-lymphocytes. We studied the components of the tumor microenvironment that are capable of inhibiting DCs migration. The study of the mobility of DCs in Cell-IQ experimental analytical system showed the presence of an inverse correlation of high strength between the average trajectory speed and the level of immunosuppressive factors (ISFs) in supernatants of cultured skin melanoma cells (TgFβ1, IL-10, IL-18, VEgF-A, EgF, FgF, HgF, sFASL (p
Бесплатно
Study of the effect of lomustin on HER2-positive breast cancer in FVB/N her-2 transgenic mice
Статья научная
Because of the high risk of brain metastases from HER2-positive breast cancer, the study of the anticancer activity of drugs used to treat brain tumors, in particular lomustine, is of great importance. In the FVB/N Her-2 transgenic mice bearing HER2-positive breast cancer (BC HER2+), a single oral administration of lomustine at a dose of 50 mg/kg resulted in a significant tumor growth inhibition (up to 96 %, p
Бесплатно
Статья научная
Introduction. Identification of persons with a high oncological risk to squamous cell carcinoma of the head and neck region is an urgent problem for the early diagnosis of this disease. The activity of circulating proteasomes can be a criterion for predicting the risk of the larynx and oral cavity cancers in patients with precancerous diseases of the upper respiratory and gastrointestinal tracts. The aim of the study is to investigate the chymotrypsin-like and caspase-like activities of circulating serum proteasomes depending on the localization of precancerous and neoplastic diseases of the larynx and oral cavity. Material and Methods. The study population consisted of 35 patients with histologically verified HNSCC (T1-3N0-3M0), 15 patients with chronic hyperplastic laryngitis (CHL) and oral leukoplakia, and 10 healthy volunteers who did not have chronic upper respiratory tract diseases in the acute stage. The median age of the patients was 53 ± 5.3 years. Results. An increase in the studied proteasome activities was found in the blood serum of patients with malignant tumors as compared with patients with chronic hyperplastic diseases associated with precancerous changes, as well as in the larynx and oral cavity cancers groups as compared with healthy donors. At the same time, depending on the localization of the pathological process, it was shown that only the chymotrypsin-like activity of the circulating pool of proteasomes significantly differs both in the groups of oral cancer leukoplakia, and in the groups of laryngeal cancer chronic hyperplastic laryngitis with dysplastic epithelial lesions. In addition, differences were found between chymotrypsin-like and caspase-like activities of circulating serum proteasomes in patients with chronic hyperplastic laryngitis with oral dysplasia and leukoplakia. Conclusion. The results obtained indicate that the determination of the CTP activity of the circulating pool of proteasomes can be used as a criterion for predicting the risk of the larynx and oral cavity cancers in patients with precancerous diseases of the larynx and oral cavity.
Бесплатно
Статья научная
Localized and metastatic tumors are known to lead to the formation of circulating tumor cell (CTC) clusters in the blood. Currently, there is a heightened interest in the study of molecular and biological characteristics of CTCs. Recent studies have shown the presence of different populations of CTCs in the blood of cancer patients. Some cells are cancer stem cells, some tumor cells undergo epithelial-mesenchymal transition (EMT), and most CTCs do not have features of either stem cells or EMT. The aim of the study was to evaluate the five-year metastasis-free survival rate in patients with invasive breast carcinoma, depending on the presence of various populations of circulating tumor cells in the blood before treatment. Material and Methods. A prospective study included 47 patients with newly diagnosed invasive breast cancer (T1-4N0-3M0), who were treated at Cancer Research institute, Tomsk National Research Medical Center. The patients aged 31 to 69 years. The presence of different populations of CTCs in the blood of patients before treatment was determined by multicolor flow cytometry on the BD FACS Canto system, using different fluorochrome-labeled monoclonal antibodies to EpCam, CD45, CD44, CD24, and N-cadherin. Five-year metastasis-free survival was evaluated by the Kaplan-Meier method. The differences were considered significant at p function show_abstract() { $('#abstract1').hide(); $('#abstract2').show(); $('#abstract_expand').hide(); }
Бесплатно
The role of EZH2 and ARID1A in the diagnosis of flat urothelial lesions with atypia
Статья научная
Background. Diagnosis of urothelial carcinoma in situ is of great importance because it has prognostic and therapeutic value. We aim to determine the utility of EZH2 and ARiD1A as a new tool in the diagnosis of carcinoma in situ. Material and Methods. This retrospective cross-sectional study included Twenty-four specimens of flat urothelial lesions, twenty specimens of CiS, and 10 of normal adjacent urothelium that was taken by cystoscopic resection biopsy procedure. immunohistochemical expression of EZH2 and ARiD1A. were evaluated in all studied cases. Results. All normal urothelium specimens showed high nuclear staining for ARiD1A and negative nuclear staining for EZH2. High EZH2 expression was observed in 80 % of CiS specimens compared to 20 % of flat urothelial lesions with atypia (p=0.001 ), while high ARiD1A expression was observed in 70.8 % of flat urothelial lesions with atypia compared to 25 % of CiS specimens (p=0.001). EZH2 was more accurate and specific in the diagnosis of carcinoma in situ. Conclusion. EZH2 and ARiD1A are promising diagnostic markers for urothelial CiS. EZH2 is more accurate and specific than ARiD1A in the diagnosis of carcinoma in situ versus other flat urothelial lesions.
Бесплатно
Статья научная
Аберрантное метилирование промоторных участков генов - основное эпигенетическое изменение, характеризующее колоректальные неопластические образования. В настоящей работе был исследован количественный уровень метилирования 42 CpG-сайтов промоторных участков генов MGMT, APC и CDH13 в опухолях толстой кишки по отношению к уровню метилирования прилежащей условно нормальной ткани 25 пациентов. С помощью метода пиросеквенирования выявлено повышение уровня метилирования промоторных участков генов MGMT, APC и CDH13 в опухолевых образцах от 3 до 5 раз. В этих же образцах опухолей проведен скрининг активирующих SNP-мутаций в онкогенах KRAS (40 %), NRAS (0 %) и BRAF (0 %). Наличие SNP-мутаций в гене KRAS сопровождалось гиперметилированием одного или более промоторов исследованных генов. Доказана ассоциация этого эпигенетического показателя с метастазированием опухоли. Полученные данные об увеличении метилирования промоторных участков генов-онкосупрессоров могут быть использованы в качестве чувствительных прогностических маркеров прогрессирования и метастазирования колоректального рака.
Бесплатно
Статья научная
Найдены параметры линейно-квадратичной модели для нейтронной терапии. На этой основе проведено сравнение значений однократных терапевтических доз в нейтронной терапии, рассчитанных по модели время - доза - фракционирование и по линейноквадратичной модели. Установлено, что результаты расчета хорошо согласуются между собой. Также проведено сравнение степени расхождения результатов расчета по модели время - доза - фракционирование и по линейно-квадратичной модели в нейтронной и гамма-терапии. Показано, что применение линейно-квадратичной модели, разработанной для нейтронной терапии, способно обеспечить адекватный контроль за лучевыми реакциями облучаемых тканей.
Бесплатно
Статья научная
Цель. Изучение уровня адипокинов сыворотки крови, экспрессии AdipoR1, AdipoR2 и sOb-R у больных раком ободочной кишки в зависимости от клинико-морфологических параметров и наличия метаболического синдрома (МС). Материал и методы. В исследование включен 31 больной раком ободочной кишки I-III стадий с МС и без метаболических нарушений. Сывороточный уровень лептина, адипонектина, AdipoR1, AdipoR2 и растворимой формы рецептора лептина оценивался с помощью ELISA. Результаты и заключение. Частота МС у больных раком ободочной кишки составила 71 %. Выявлены взаимосвязи уровня лептина сыворотки крови с полом и стадией заболевания. Показана тенденция к повышению лептина у больных с МС. Уровень sOb-R был выше у больных без МС. Уровень AdipoR1 и AdipoR2 был значимо выше у больных раком ободочной кишки женского пола. Имелась тенденция к повышению рецепторов адипонектина у больных раком ободочной кишки с наличием МС.
Бесплатно
Активация сигнального пути интерферона-альфа ресвератролом, генистеином и кверцетином
Статья научная
Ресвератрол, кверцетин и генистеин, относящиеся к полифенолам вторичных метаболитов растений, обладают антиканцерогенным и противовирусным эффектами, реализуемыми в результате их плейо-тропного действия на различные макромолекулы клетки. Эти соединения могут взаимодействовать с ДНК, не образуя ковалентные связи. При этом может происходить изменение пространственных, физико-химических и структурных характеристик ДНК, что может приводить к нарушению функциони-рования белков метаболизма ДНК и вызывать дестабилизацию хроматина. Такие эффекты были опи-саны для нового противоопухолевого препарата Кураксина CBL0137, причем индуцированная данным соединением дестабилизация хроматина приводила к активации сигнального пути интерферона-α. Используя клеточную линию HeLa с трансгенным флуоресцентным белком mCherry, содержащим в промоторной области консенсусный сайт связывания интерферона-α (ISRE), мы продемонстрировали дозозависимый стимулирующий эффект ресвератрола, кверцетина и генистеина на активность сигналь-ного пути интерферона-α. Использование прижизненной флуоресцентной микроскопии на клеточной линии HT1080 c трансгенным флуоресцентно-меченным гистоном H1.5 позволило продемонстриро-вать, что данные полифенолы вызывают перераспределение данного линкерного гистона в ядрах клеток. Полученные нами данные свидетельствуют о возможности существования ДНК-зависимого механизма реализации противоопухолевого действия растительных полифенолов и необходимости дальнейшего изучения влияния полифенолов на структуру хроматина и связанного с этим изменения функционирования генома, в частности регуляции сигнального пути интерферона-α.
Бесплатно
Статья научная
Цель исследования - сравнить показатели функциональной активности натуральных клеток-киллеров в зависимости от наличия злокачественного процесса и его распространенности. Материал и методы. В исследование были включены 10 больных раком яичников IIIC стадии, 5 больных с доброкачественными опухолями (ДО) яичника, 15 больных колоректальным раком TNMстадии. Контрольную группу 2-40-20 составили 5 обследованных здоровых доноров. Для оценки количества и функциональной активности NK-клеток периферической крови и асцитической жидкости (АЖ) выполнена многоцветная проточная цитометрия на цитофлуориметре FACS Canto II. результаты. Наличие злокачественного новообразования сопровождалось статистически значимым снижением в периферической крови относительного количества активированных NK-клеток, секретирующих гранзим В (GB) (CD56+CD107a+GB+PF-), и увеличением доли дегранулированных NK-клеток (CD56+CD107a+GB-PF-) по сравнению с соответствующими показателями у здоровых лиц. При этом отличительной особенностью больных раком яичников были низкие показатели общего количества NK-клеток в периферической крови (p
Бесплатно
Активность протеасом в тканях злокачественных опухолей различных локализаций
Статья научная
В результате проведенного исследования активности протеасом у больных злокачественными опухолями различных локализаций установлены разнонаправленные их значения. В ткани опухоли почки происходило снижение активности про- теасом по сравнению с окружающей неизмененной тканью. При раке мочевого пузыря активность ферментов в опухоли не отличалась от их активности в окружающей ткани. В опухолевой ткани эндометрия и в плоскоклеточных карциномах головы и шеи активность протеасом была повышена по сравнению с окружающей неизмененной тканью. Увеличение активности протеасом при злокачественных новообразованиях обусловлено увеличением активности пула 20S-протеасом.
Бесплатно
Статья научная
Роведено исследование функционального полиморфизма гена VEGF-A в позициях -2578 промоторного региона и +936 3` нетранслируемого региона у пациенток с раком молочной железы (РМЖ) с разным рецепторным статусом опухоли c целью выявления информативных маркеров, ассоциированных с риском развития заболевания. В анализ включены образцы ДНК 292 женщин с РМЖ. Генотипирование полиморфизмов С–2578A и C+936T VEG-FA осуществляли методом рестриктазного анализа продуктов амплификации (ПДРФ-анализ). Выявлены особенности распределения генотипов VEGF-A у пациенток с наличием эстрогеновых и прогестероновых рецепторов в опухолевых тканях и генотипы, ассоциированные с риском развития рецидивов РМЖ.
Бесплатно
Статья научная
С помощью тетрапраймерной аллель-специфической ПЦР нами произведен анализ 595 образцов ДНК из перифериче- ской крови больных раком молочной железы на 9 мутаций в генах BRCA1/2. 11 образцов (1,85 %) показали присутствие мутации 5382insC в гене BRCA1 в гетерозиготном состоянии. У одной больной (0,17 %) выявлена мутация 185delAG в гене BRCA1. Остальные семь мутаций, а именно мутации 4153delA, 2963del10, 3819del5 и 3875del4 в гене BRCA1, а также мутации 9318delAAAA, 1528delAAAA и S1099X в гене BRCA2 в данном исследовании не зарегистрированы. Таким об- разом, учитывая высокую вероятность развития онкозаболеваний у носителей мутаций в генах BRCА1/2, полученные нами данные свидетельствуют о целесообразности включения анализа на наличие мутаций 5382insC и 185delAG в гене BRCA1 в скрининговые программы по определению риска РМЖ в Сибирском регионе.
Бесплатно
Анализ мутаций в генах KRAS и BRAF при раке толстой и прямой кишки в российской популяции
Статья научная
Образцы опухоли толстой и прямой кишки (РТПК) от российских пациентов на наличие мутаций в генах KRAS и BRAF исследовали с помощью двух высокочувствительных методов анализа: аллельспецифической ПЦР в режиме реального времени (ас-рв ПЦР) и секвенирования по Сэнгеру с блокированием аллеля дикого типа. Материал и методы. В качестве материала для исследования использовали срезы свежезамороженной и фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани опухоли от 80 пациентов. На гистологическом исследовании было определено содержание опухолевых клеток в каждом образце. Образцы были протестированы методом ас-рв ПЦР на мутации в гене KRAS (G12C, G12S, G12R, G12V, G12D, G12A, G13D) и мутации BRAFV600E. Затем была проведена амплификация ДНК образцов в присутствии олигонуклеотида, блокирующего амплификацию аллеля KRAS дикого типа с дальнейшем секвенированием ДНК по Сэнгеру. результаты. По данным гистологического заключения из 80 образцов низкое содержание опухолевых клеток (
Бесплатно
Статья научная
Цель исследования - изучить связь полиморфизма - 31G/С (rs9904341) в промоторной области гена белка сурвивина BIRC5 с риском возникновения рака мочевого пузыря (РМП) у пациентов Красноярского края. Материал и методы. Аллельный состав исследуемого гена был определен в группе из 158 пациентов (128 мужчин и 30 женщин) с клинически установленным РМП, средний возраст - 65,6 ± 10,7 года (медиана: 66,5; С25-С75: 59-72), а также в контрольной группе из 117 здоровых доноров (90 мужчин и 27 женщин), средний возраст - 60,2 ± 5,1 года (медиана: 60; С25-С75: 57-63,25). Аллельный состав определяли биолюминесцентным способом, ранее разработанным авторами. В качестве контроля использовали образец с генотипом GC, подтвержденным секвенированием по Сэнгеру (ЦКП Геномика, Новосибирск, Россия). Для сравнения количественных данных использовали U-тест Манна-Уитни. Для сравнения частот вариантов гена среди контрольных образцов и случаев РМП применяли критерий χ2 Пирсона. Исследуемая выборка находилась в равновесии Харди-Вайнберга (p>0,05). Ассоциацию между вариантами rs9904341 и РМП оценивали по отношению шансов (OШ) с 95 % доверительным интервалом (ДИ), с уровнем значимости p function show_abstract() { $('#abstract1').hide(); $('#abstract2').show(); $('#abstract_expand').hide(); }
Бесплатно
Статья научная
Проведено молекулярно-цитогенетическое исследование эпителиальной ткани желудка на различных стадиях патологического процесса у 2 групп больных. Первая включала 24 человека с хроническим гастритом, у половины из которых не выявлено морфо- логических изменений, а остальные имели метаплазию и дисплазию эпителия. Во второй группе - 10 пациентов с гистологически верифицированным интестинальным типом рака желудка. У 9 из 12 (75 %) больных с хроническим гастритом без морфологи- ческих изменений эпителия были зарегистрированы хромосомные аберрации - делеция 15q11.2-q26 (66,6 %). При хроническом гастрите с диспластическими изменениями эпителия наиболее часто выявлялась амплификация хромосомного региона 3р12-р23 (55,5 %). Цитогенетический анализ опухолевой ткани желудка показал наличие хромосомных нарушений во всех исследуемых образцах, в то время как в клетках прилежащих очагов хронического воспаления аберрации были детектированы у 70 % больных. В эпителиальной ткани, прилежащей к опухолевому очагу, частыми нарушениями были делеции в хромосомных регионах 19p13.2, 19q13.1-q13.3 (30 %) и 18q12-q21 (30 %), тогда как в опухолевых клетках - делеции 5q12-q23 (30 %), 18q11.2-q21 (30 %), а также амплификации 20p11.2-p13 (20 %).
Бесплатно
Статья научная
Хромосомные нарушения характеризуют практически все злокачественные новообразования, включая и рак молочной железы. У 23 женщин были исследованы спектр и частота хромосомных аберраций в тканях молочной железы с проявлениями фиброзно-кистозной болезни (n=4) и злокачественными новообразованиями (n=23) с использованием метода сравнительной геномной гибридизации высокого разрешения. В обеих группах выявлены множественные хромосомные аномалии, в том числе специфичные для рака молочной железы. Показано наличие общих хромосомных аномалий в тканях одних и тех же пациенток с доброкачественными пролиферативными процессами и злокачественными новообразованиями, которые могут служить цитогенетическими маркерами в оценке риска малигнизации. Полученные результаты указывают на возможность использования молекулярно-цитогенетического анализа в диагностике хромосомных нарушений при доброкачественных изменениях для оценки риска развития рака молочной железы.
Бесплатно
Статья научная
В литературе отмечается повышенный интерес к изучению андрогеновых рецепторов (АР) при различных молекулярных подтипах рака молочной железы (РМЖ), но мы не нашли единого мнения о влиянии уровня андрогенов и их метаболитов в образцах биологических жидкостей на развитие РМЖ. Определение уровня андрогеновых рецепторов в опухоли у пациенток с раком молочной железы является весьма актуальным и перспективным направлением в изучении прогноза заболевания и поиска новых дополнительных подходов к эндокринной терапии РМЖ, особенно при базальноподобном молекулярном подтипе.
Бесплатно
Статья научная
В опытах на крысах ЛИО и мышах линии SHR местной разводки, характеризующихся высокой частотой опухолей (33-48 %) к концу жизни, был изучен синтетический фенольный антиоксидант фенозан (4-гидрокси 3,5-ди-трет-бутилфенилпропионовая кислота). Фенозан давали крысам и мышам перорально в дозе 5 мг/кг 3 раза в нед длительно - 18 мес. Фенозан не влиял на вы- живаемость животных. У крыс-самок фенозан по сравнению с контролем статистически достоверно уменьшал общую частоту и множественность опухолей соответственно на 30,6 % и 76,3 %, а также новообразований молочной железы - на 15,8 % и 90 % со- ответственно, гипофиза - на 17,5 % и 63 % соответственно и прочих новообразований - на 15,6 % и 75 %. У крыс-самцов фенозан статистически достоверно уменьшал только множественность новообразований гипофиза и лимфоидной ткани - на 83,3 %. У мышей фенозан только у самок уменьшал общую множественность опухолей на 48,5 %, а также частоту и множественность новообразований легких - на 22,5 % и 78,1 % соответственно. Таким образом, фенозан в проведенных нами экспериментах на крысах и мышах тормозил спонтанный канцерогенез.
Бесплатно
