Теоретическая оценка вероятностных характеристик количественного анализа, основанного на сочетании методов капельной микрофлюидики и полимеразной цепной реакции в условиях сверхмалых количеств генетического материала
Автор: Буляница Антон Леонидович, Посмитная Я.С., Тупик А.Н., Рудницкая Г.Е., Евстрапов А.А.
Журнал: Научное приборостроение @nauchnoe-priborostroenie
Рубрика: Математические методы и моделирование в приборостроении
Статья в выпуске: 4 т.27, 2017 года.
Бесплатный доступ
Классический метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени обладает большой погрешностью определения сверхмалых количеств (сотни копий и менее) генетического материала. В этих условиях используются методы цифровой ПЦР. При этом наименьшая погрешность количественного анализа достигается при условиях сопоставимости числа копий и числа аналитических ячеек, в которых регистрируется присутствие хотя бы одной копии анализируемого материала. В работе приведен теоретический вероятностный расчет схемы принципиально новой комбинации: ПЦР и капельной микрофлюидики, которая обеспечит приемлемые характеристики анализа сверхмалых количеств пробы. При этом ПЦР используется исключительно для копирования генетического материала, а количественный анализ производится с помощью капельной микрофлюидики. Приведен пример оценивания погрешности счета числа копий при учете двух различных независимых случайных факторов - отбор 10 %-й части пробы и 1 %-я погрешность счета капель с положительным результатом реакции.
Количественный анализ, полимеразная цепная реакция (пцр), капельная микрофлюидика, вероятностные характеристики, доверительная вероятность, погрешность, копия (мишень днк)
Короткий адрес: https://sciup.org/142214833
IDR: 142214833 | DOI: 10.18358/np-27-4-i5662
Список литературы Теоретическая оценка вероятностных характеристик количественного анализа, основанного на сочетании методов капельной микрофлюидики и полимеразной цепной реакции в условиях сверхмалых количеств генетического материала
- Real-Time PCR in Microbiology: From Diagnosis to Characterization/Ed. Ian M. Mackay. Caister Academic Press, 2007. 454 p. ISBN: 978-1-904455-18-9.
- Lun F.M., Chiu R.W., Chan K.C., Leung T.Y., Lau T.K., Lo Y.M. Microfluidics Digital PCR reveals a higher than expected fraction of fetal DNA in maternal plasma//Clin. Chem. 2008. Vol. 54, no. 10. P. 1664-1672 DOI: 10.1373/clinchem.2008.111385
- Dube S., Qin J., Ramakrishnan R. Mathematical analysis of copy number variation in a DNA sample using digital PCR on a nanofluidic device//PLoS ONE. 2008 DOI: 10.1371/journal.pone.0002876
- Сочивко Д.Г., Федоров А.А., Лавров В.В., Курочкин В.Е., Петров Р.В. Стохастическое моделирование кинетических кривых полимеразной цепной реакции//ДАН. 2011. Т. 439, № 5. C. 696-699.
- Новицкий П.В., Зограф И.А. Оценка погрешностей результатов измерений. Л.: Наука, 1991. 248 с.
