Пилотное исследование изменения уровня PIРНК в плазме и сыворотке крови у женщин на разных сроках физиологической беременности
Автор: Глотов А.С., Козюлина П.Ю., Вашукова Е.С., Илларионов Р.А., Юркина Н.О., Пачулия О.В., Бутенко М.Г., Постникова Т.Б., Беспалова О.Н.
Журнал: Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины @cardiotomsk
Рубрика: Клинические исследования
Статья в выпуске: 4 т.36, 2021 года.
Бесплатный доступ
Цель: провести исследование изменения уровня piРНК в плазме и сыворотке крови беременных женщин на разных сроках гестации.Материал и методы. Проведено исследование 42 образцов плазмы и сыворотки крови, полученных от 7 женщин с физиологической одноплодной беременностью без акушерско-гинекологической патологии в трех временных точках (первая - 8-13, вторая - 18-25 и третья - 30-35 нед. беременности). Для оценки спектра и уровня piРНК методом NGS проведено полногеномное секвенирование малых РНК. Анализ данных секвенирования осуществлен с использованием веб-программы GeneGlobe Data Analysis Center. Дифференциальная экспрессия оценена с помощью пакета DESeq2 R package.Результаты и обсуждение. Содержание piРНК среди всех малых РНК составило 2,29; 2,61 и 4,16% для плазмы и 7,29; 7,02 и 10,82% - для сыворотки в первом, втором и третьем триместре соответственно. От первого триместра к третьему в плазме крови увеличивается содержание следующих piРНК: piR 000765, piR 020326, piR 019825, piR 020497, piR 015026, piR 001312, piR 017716. Показано, что в сыворотке по сравнению с плазмой значительно больше piR 000765, piR 020326, piR 019825, piR 015026, piR 020497, piR 001312, piR 017716, piR 004153, тогда как в плазме - только одной молекулы - piR 018849.Заключение. Данная пилотная работа создает определенный базис для понимания процессов экспрессии piРНК в плазме и сыворотке беременных женщин и может стать основой для поиска биомаркеров различных осложнений беременности.
Pirna, беременность, плазма, сыворотка, массовое параллельное секвенирование
Короткий адрес: https://sciup.org/149139369
IDR: 149139369 | DOI: 10.29001/2073-8552-2021-36-4-62-69
Список литературы Пилотное исследование изменения уровня PIРНК в плазме и сыворотке крови у женщин на разных сроках физиологической беременности
- Watson C.N., Belli A., Di Pietro V. Small non-coding RNAs: New class of biomarkers and potential therapeutic targets in neurodegenerative disease. Front. Genet. 2019;10:364. DOI: 10.3389/fgene.2019. 00364.
- Guarino E., Delli Poggi C., Grieco G.E., Cenci V., Ceccarelli E., Crisci I. et al. Circulating MicroRNAs as biomarkers of gestational diabetes mellitus: Updates and perspectives. Int. J. Endocrinol. 2018;2018:6380463. DOI: 10.1155/2018/6380463.
- Vashukova E.S., Glotov A.S., Fedotov P.V., Efimova O.A., Pakin V.S., Mozgovaya E.V. et al. Placental microRNA expression in pregnancies complicated by superimposed preeclampsia on chronic hypertension. Mol. Med. Rep. 2016;14(1):22-32. DOI: 10.3892/mmr.2016.5268.
- Hromadnikova I., Kotlabova K., Ivankova K., Krofta L. First trimester screening of circulating C19MC microRNAs and the evaluation of their potential to predict the onset of preeclampsia and IUGR. PLoS One. 2017;12(2):e0171756. DOI: 10.1371/journal.pone.0171756.
- Rayford K.J., Cooley A., Rumph J.T., Arun A., Rachakonda G., Villalt F. et al. piRNAs as modulators of disease pathogenesis. Int. J. Mol. Sci. 2021;22(5):2373. DOI: 10.3390/ijms22052373.
- Jia S., Zhang Q., Wang Y., Wang Y., Liu D., He Y. et al. PlWI-interacting RNA sequencing profiles in maternal plasma-derived exosomes reveal novel non-invasive prenatal biomarkers for the early diagnosis of non-syndromic cleft lip and palate. EBioMedicine. 2021;65:103253. DOI: 10.1016/j.ebiom.2021.103253.
- Timofeeva A.V., Chagovets V.V., Drapkina Y.S., Makarova N.P., Kalinina E.A., Sukhikh G.T. Cell-free, embryo-specific sncRNA as a molecular biological bridge between patient fertility and IVF efficiency. Int. J. Mol. Sci. 2019;20(12):2912. DOI: 10.3390/ijms20122912.
- Жарикова А.А., Миронов А.А. PiPHK: биология и биоинформатика. Молекулярная биология. 2016;50(1):80-88. DOI: 10.7868/ S0026898416010225. Zharikova A.A., Mironov A.A. PiRNAs: Biology and bioinformat-ics. Molecular Biology. 2016;50(1):69-76 (In Russ.). DOI: 10.7868/ S0026898416010225.
- Love M.I., Huber W., Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550. DOI: 10.1186/s13059-014-0550-8.
- Benjamini Y., Hochberg Y. Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological). 1995;57(1):289-300. DOI: 10.2307/2346101.
- Veneziano D., Nigita G., Ferro A. Computational approaches for the analysis of ncRNA through deep sequencing techniques. Front. Bioeng. Biotechnol. 2015;3:77. DOI: 10.3389/fbioe.2015.00077.
- Yang X., Cheng Y., Lu Q., Wei J., Yang H., Gu M. Detection of stably expressed piRNAs in human blood. Int. J. Clin. Exp. Med. 2015;8(8):13353-13358.
- Mompeón A., Ortega-Paz L., Vidal-Gómez X., Costa T.J. Disparate miR-NA expression in serum and plasma of patients with acute myocardi-al infarction: a systematic and paired comparative analysis. Sci. Rep. 2020;10(1):5373. DOI: 10.1038/s41598-020-61507-z.
- Илларионов Р.А., Косякова О.В., Вашукова Е.С., Юркина Н.О., Баклейчева М.О., Долгова Ю.С. и др. Особенности создания коллекции образцов беременных женщин на разных сроках гестации для поиска ранних биомаркеров преждевременных родов. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2020;19(6):2708. DOI: 10.15829/1728-8800-2020-2708. Illarionov R.A., Kosyakova O.V., Vashukova E.S., Yurkina N.O., Bakle-icheva M.O., Dolgova Yu.S. et al. Collection of samples from women at different stages of pregnancy to search for early biomarkers of preterm birth. Cardiovascular Therapy and Prevention. 2020;19(6):2708 (In Russ.). DOI: 10.15829/1728-8800-2020-2708.
- Krishnan P., Ghosh S., Wang B., Heyns M., Li D., Mackey J.R. et al. Genome-wide profiling of transfer RNAs and their role as novel prognostic markers for breast cancer. Sci. Rep. 2016;6:32843. DOI: 10.1038/ srep32843.
- Wang A., Liu J., Zhuang X., Yu S., Zhu S., Liu Y. et al. Identification and comparison of piRNA expression profiles of exosomes derived from human stem cells from the apical papilla and bone marrow mesenchy-mal stem cells. Stem Cells Dev. 2020;29(8):511-520. DOI: 10.1089/ scd.2019.0277.
- El-Mogy M., Lam B., Haj-Ahmad T.A., McGowan S., Yu D., Nosal L. et al. Diversity and signature of small RNA in different bodily fluids using next generation sequencing. BMC Genomics. 2018;19(1):408. DOI: 10.1186/ s12864-018-4785-8.
- Yuan T., Huang X., Woodcock M., Du M., Dittmar R., Wang Y. et al. Plasma extracellular RNA profiles in healthy and cancer patients. Sci. Rep. 2016;6:19413. DOI: 10.1038/srep19413.
- Singh K.P., Maremanda K.P., Li D., Rahman I. Exosomal microRNAs are novel circulating biomarkers in cigarette, waterpipe smokers, E-cigarette users and dual smokers. BMC Med. Genomics. 2020;13(1):128. DOI: 10.1186/s12920-020-00748-3.
- Timofeeva A., Drapkina Y., Fedorov I., Chagovets V., Makarova N., Shamina M. et al. Small noncoding RNA signatures for determining the developmental potential of an embryo at the morula stage. Int. J. Mol. Sci. 2020;21(24):9399. DOI: 10.3390/ijms21249399.
