Новая методика обработки флуоресцентного отклика плавления ДНК
Автор: Белов Дмитрий Анатольевич, Белов Ю.В., Курочкин В.Е.
Журнал: Научное приборостроение @nauchnoe-priborostroenie
Рубрика: Математические методы и моделирование в приборостроении
Статья в выпуске: 1 т.28, 2018 года.
Бесплатный доступ
В статье предложена усовершенствованная модель флуоресцентного отклика плавления ДНК. Модель основывается на степеннóм полиноме 3-го порядка (СП). На основе модели разработана методика обработки флуоресцентного отклика плавления ДНК, основным результатом применения которой является определение температуры плавления ДНК Tm. Новая методика целенаправленно позволяет сокращать время анализа за счет увеличения дискрета измерения температуры при одновременном сужении ее диапазона. Приведены доказательства адекватности модели на основе СП. Выполнено сравнение результатов применения разработанной и известной методик на основе сигмоидальной функции (СФ) при обработке реальных данных. Показана возможность использования методики для определения неравномерности распределения температуры держателя пробирок амплификатора в режиме плавления.
Днк, пцр, анализатор нуклеиновых кислот, аппроксимация, метод плавления высокого разрешения
Короткий адрес: https://sciup.org/142214841
IDR: 142214841 | DOI: 10.18358/np-28-1-i310
Список литературы Новая методика обработки флуоресцентного отклика плавления ДНК
- Веденов А.А., Дыхне А.М., Франк-Каменецкий М.Д. Переход спираль-клубок в ДНК//Успехи физических наук. 1971. Т. 105, № 11. С. 479-519 DOI: 10.3367/UFNr.0105.197111d.0479
- Лаврова О.И., Альварес Фигероа М.В., Творогова М.Г. HRM -новый молекулярный метод определения лекарственной устойчивости микобактерий туберкулеза//Клиническая лабораторная диагностика. 2014. № 7. С. 62-64.
- Календарь Р.Н., Сиволап Ю.М. Полимеразная цепная реакция с произвольными праймерами//Биополимеры и клетка. 1996. Т. 11, № 3-4. С. 55-65. URL: http://www.biopolymers.org.ua/pdf/ru/11/3/055/biopolym.cell-1995-11-3-055-ru.pdf.
- Сиволап Ю.М., Календарь Р.Н., Чеботарь С.В. Генетический полиморфизм злаковых растений при помощи ПЦР с произвольными праймерами//Цитология и генетика. 1994. Т. 28, № 6. С. 54-61. URL: http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/genomedynamics/Pdfs/zyt.pdf.
- Вычисление температуры плавления. URL: https://ru.wikipedia.org/wiki/Гибридизация_ДНК.
- Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю. и др. ПЦР в "реальном времени". М.: БИОМ. Лаборатория знаний, 2009. 223 с. URL: http://nashol.com/2014072579193/pcr-v-realnom-vremeni-rebrikov-d-vsamatov-g-a-trofimov-d-u-2009.html.
- Melting Temperature Calculation Tm ToolSM. University of Utah, Wittwer Lab (USA). URL: http://www.dna.utah.edu/tm/tool.html.
- Introduction to High Resolution Melt Analysis. Application Guide. URL: http://www.kapabiosystems.com.
- Белов Д.А., Корнева Н.А., Альдекеева А.C., Белов Ю.В., Киселев И.Г. Повышение разрешающей способности генетических анализаторов при определении температуры плавления ДНК//Научное приборостроение. 2016. Т. 26, № 2. С. 17-22. URL: http://213.170.69.26/mag/2016/abst2.php#abst2.
- Белов Д.А., Альдекеева А.C., Белов Ю.В., Киселев И.Г. Методики определения рабочих температур термостатирования анализаторов нуклеиновых кислот//Научное приборостроение. 2017. Т. 27, № 4. С. 34-39. URL: http://213.170.69.26/mag/2017/abst4.php#abst5.
- Эйдельштейн М.В., Алексеев Я.И., Никулин А.А, Романов А.В., Козлов Р.С. Способ детекции специфических нуклеотидных последовательностей и нуклеотидных замен с помощью ПЦР в режиме реального времени с эффектом гашения флуоресценции зонда праймером. Патент на изобретение РФ № 2451086, МПК C12Q 1/68, опубл. 20.05.2012. Бюл. № 14.
- Земляков В.В. Обработка результатов измерений в Matlab: учебно-методическое пособие. Ростов-на-Дону, 2008. 40 с.
- Сирота А.А. Методы и алгоритмы анализа данных и их моделирование в MATLAB: учеб. пособие. СПб.: БХВ-Петербург, 2016. 384 с.
- Белов Д.А., Белов Ю.В., Манойлов В.В. Разработка методик обработки сигналов плавления ДНК//Научное приборостроение. 2017. Т. 27, № 1. С. 83-89. URL: http://213.170.69.26/mag/2017/abst1.php#abst14.
