Детекция генов, кодирующих ферменты биосинтеза эктоина, у актинобактерий, выделенных из почвы района разработки Верхнекамского соленосного бассейна
Автор: Ананьина Л.Н., Шестакова Е.А., Плотникова Е.Г.
Журнал: Вестник Пермского университета. Серия: Биология @vestnik-psu-bio
Рубрика: Микробиология
Статья в выпуске: 3, 2018 года.
Бесплатный доступ
Разработаны две системы праймеров, подобраны условия полимеразной цепной реакции и состав ПЦР-смеси для амплификации фрагмента ect-оперона, включающего гены ectB и ectG, детерминирующие Ь-2,4-диаминобутиратаминотрансферазу и эктоинсинтезу, соответственно, на матрице ДНК бактерий родов Rhodococcus, Microbacterium и Brevibacterium. Проведен скрининг 9 штаммов бактерий, выделенных из почвы района промышленной разработки Верхнекамского соленосного бассейна, с применением разработанных систем праймеров. В ходе амплификации специфический продукт генов-мишеней получен на матрице ДНК штаммов Brevibacterium sp. B-R и Microbacterium sp. Y6, а также представителей филогенетических групп R. erythropolis и R. rhodochrous рода Rhodococcus. На матрице ДНК штамма Microbacterium sp. SMB33 специфический продукт не был синтезирован, что может указывать на отличие генетических детерминант синтеза эктоина этого штамма от известных.
Олигонуклеотиды, ect-гены, полимеразная цепная реакция, актинобактерии
Короткий адрес: https://sciup.org/147227027
IDR: 147227027
Список литературы Детекция генов, кодирующих ферменты биосинтеза эктоина, у актинобактерий, выделенных из почвы района разработки Верхнекамского соленосного бассейна
- Бабошко А.О., Бачурин Б.А. Тяжелые металлы в отходах калийной промышленности // Горный информационно-аналитический бюллетень. 2009. № 5. С. 369-376.
- Гавриш Е.Ю. и др. Три новых вида бревибактерий - Brevibacterium antiquum sp. nov., Brevibacterium aurantiacum sp. nov. и Brevibacterium per-mense sp. nov. // Микробиология. 2004. Вып. 73, № 2. С. 218-225.
- Кригер О.В. и др. Основные аспекты конструирования праймеров для определения видовой принадлежности ДНК крупного рогатого скота методом полимеразной цепной реакцией // Современные проблемы науки и образования. 2012. № 2. C. 362-370.
- Патрушев Л.И. Искусственные генетические системы. М.: Наука, 2004. T. 1: Генная белковая инженерия. 526 с.
- Плотникова Е.Г. и др. Характеристика микроорганизмов, выделенных из техногенных почв Прикамья // Экология. 2006. № 4. С. 261-268.
- Плотникова Е.Г. и др. Бактерии-деструкторы полициклических ароматических углеводородов, выделенные из почв и донных отложений района солеразработок // Микробиология. 2001. № 1. С. 61-69.
- Alvarez H.M. et al. Physiological and morphological responses of the soil bacterium Rhodococcus opacus strain PD630 to water stress // FEMS Microbiology ecology. 2004. Vol. 50. P. 75-86.
- DOI: 10.1016/j.femsec.2004.06.002
- Anan'ina L.N. et al. Naphthalene-degrading bacteria of the genus Rhodococcus from the Verkhnekamsk salt mining region of Russia // Antonie van Leeu-wenhoek. 2011. Vol. 100. P. 309-316.
- Bolhuis H., Fillinger L., Stal L.J. Coastal microbial mat diversity along a natural salinity gradient // PLoS One. 2013. Vol. 8. P. e63166.
- DOI: 10.1371/journal.pone.0063166
- Boujelben I. et al. Spatial and seasonal prokaryotic community dynamics in ponds of increasing salinity of Sfax solar saltern in Tunisia // Antonie Van Leeuwenhoek. 2012. Vol. 101. P. 845-857.
- DOI: 10.1007/s10482-012-9701-7
- Claverias F.P. et al. Culturable diversity and antimicrobial activity of Actinobacteria from marine sediments in Valparaiso bay, Chile // Frontiers microbiology. 2015. Vol. 6. P. 737.
- DOI: 10.3389/fmicb.2015.00737
- Designing PCR primers and probes. URL: https://eu.idtdna.com/pages/decoded/decoded-articles/pipettips/decoded/2013/10/21/designing-pcr-primers-and-probes.
- Gonzalez-Silva B.M. et al. Changes in the microbial community of an anammox consortium during adaptation to marine conditions revealed by 454 py-rosequencing // Appllied microbiology and bio-technolology. 2017. Vol. 101. P. 5149-5162.
- DOI: 10.1007/s00253-017-8160-5
- Lee L.-H. et al. Diversity and antimicrobial activities of Actinobacteria isolated from tropical mangrove sediments in Malaysia // The scientific world journal. 2014. Vol. 2014. URL:
- DOI: 10.1155/2014/698178
- Luo W. et al. Effects of salinity build-up on the performance and bacterial community structure of a membrane bioreactor // Bioresource technology. 2016. Vol. 200. P. 305-310.
- DOI: 10.1016/j.biortech.2015.10.043
- Megaw J., Busetti A., GilmoreB.F. Isolation and characterisation of 1-alkyl-3-methylimidazolium chloride ionic liquid-tolerant and biodegrading marine bacteria // PLoS One. 2013. Vol. 8. P. e60806.
- DOI: 10.1371/journal.pone.0060806
- Nagata S., Adachi K., Sano H. Intracellular changes in ions and organic solutes in halotolerant Brevibacterium sp. strain JCM 6894 after exposure to hyperosmotic shock // Appllied and environmental microbiology. 1998. Vol. 64. P. 3641-3647.
- Ou D. et al. Salt-tolerance aerobic granular sludge: formation and microbial community characteristics // Bioresource technololgy. 2018. Vol. 249. P. 132-138.
- DOI: 10.1016/j.biortech.2017.07.154
- Qiu G., Ting Y.P. Osmotic membrane bioreactor for wastewater treatment and the effect of salt accumulation on system performance and microbial community dynamics // Bioresource technology. 2013. Vol. 150. P. 287-297.
- DOI: 10.1016/j.biortech.2013.09.090
- Raymond R.L. Microbial oxidation of n-paraffinic hydrocarbons // Developments in industrial microbiology. 1961. Vol. 2. P. 23-32.
- Wilson K. Preparation of genomic DNA from bacteria // Ausubel F.M., Brent R., Kingston R.E., Moore D.D., Seidman J.G., Smith J.A., Struhl K. (eds.) Current protocols in molecular biology, 3rd edn. Wiley; New York, 1995.
- Yuan M. et al. Phylogenetic diversity and biological activity of actinobacteria isolated from the Chukchi Shelf marine sediments in the Arctic Ocean // Marine drugs. 2014. Vol. 12. P. 1281-1297.
- DOI: 10.3390/md12031281
