Вычисление сеток взаимодействия молекул с использованием графических процессоров

Автор: Фарков Михаил Александрович

Журнал: Космические аппараты и технологии.

Рубрика: Информационные технологии

Статья в выпуске: 3-4 (5-6), 2013 года.

Бесплатный доступ

Описана теоретическая база молекулярного лиганд-белкового докинга; описан сеточный подход к ускорению докинга; представлена декомпозиция задачи для параллельных вычислительных систем; обоснована актуальность применения графических процессоров.

Молекулярный докинг, виртуальный скрининг, лиганд-белковый докинг

Короткий адрес: https://readera.org/14117308

IDR: 14117308

Список литературы Вычисление сеток взаимодействия молекул с использованием графических процессоров

  • Kuntz I.D. Structure-based strategies for drug design and discovery // Science. 1992 by the American Association for the Advancement of Science, 1992. Vol. 257, №5073. P. 1078-1082.
  • Natasja Brooijmans, Irwin D. Kuntz. Molecular recognition and docking algorithms. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003. 32:335-73.
  • MacKerell A.D., Jr. «Atomistic Models and Force Fields» in Computational Biochemistry and Biophysics, O.M. Becker, A.D. MacKerell, Jr., B. Roux and M.Watanabe, Eds., Marcel Dekker, Inc. New York, 2001, p. 7-38.
  • MacKerell A.D., Bashford D., Dunbrack R.L., Evanseck J.D., Field M.J., Fischer S., Gao J. et al. (1998). All-Atom Empirical Potential for Molecular Modeling and Dynamics Studies of Proteins. The Journal of Physical Chemistry B, 102(18), 3586-3616. DOI: 10.1021/jp973084f
  • Goodford P.J. A computational procedure for determining energetically favorable binding sites on biologically important macromolecules. J Med Chem 1985; 28:849-857.
  • Michael K. Gilson, Huan-Xiang Zhou. Calculation of Protein-Ligand Binding Affinities. Rev. Biophys. Biomol. Struct 2007. 36:21-42.
  • Todd J.A. Ewinga, Shingo Makinoa, A. Geoffrey Skillmana, Irwin D. Kuntza. DOCK 4.0: Search strategies for automated molecular docking of flexible molecule databases. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 15: 411-428, 2001.
  • Cornell W.D., Cieplak P., Bayly C.I., Gould I.R., Merz K.M., Ferguson D.M., Spellmeyer D.C. et al. (1995). A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. (P.E. Bourne, Ed.) Journal of the American Chemical Society, 117(19), 5179-5197.
  • Wang J., Wang W., Kollman P.A. & Case D.A. (2006). Automatic atom type and bond type perception in molecular mechanical calculations. Journal of molecular graphics modelling, 25(2), 247-260.
  • Wang J., Wolf R.M., Caldwell J.W., Kollman P.A., Case D.A. Development and testing of a general AMBER force field. Journal of Computational Chemistry, 25, 2004, 1157-1174.
  • Wang J. et al. Antechamber, An Accessory Software Package For Molecular Mechanical Calculations // Molecules. AMER CHEMICAL SOC, 2001. Vol. 222, №2. P. U403-U403.
  • Mehler E.L. & Solmajer T. (1991). Electrostatic effects in proteins: comparison of dielectric and charge models. Protein Engineering, 4(8), 903-910.
Еще
Статья научная