Некоторые аспекты построения генетических карт

Бесплатный доступ

Построение генетических карт имеет принципиальное значение при практическом использовании установленных ассоциаций «маркер-признак». Последовательное развитие генетических исследований привело кустановлению групп сцепления и локализации генов, а цитогенетическое изучение дало возможность идентифицировать группы сцепления с определенными хромосомами у целого ряда организмов. Широкое использование молекулярных ДНК-маркеров, а также применение методологии идентификации и локализации на хромосомах QTL (quantitative trait loci) даже в тех случаях, когда они не способствовали появлению новых областей науки, значительно расширили границы биологических исследований, в том числе, увеличили точность и масштабируемость в построении генетических карт сцепления. На сегодня исследование сцепления генов - важнейший подход, используемый как для кэр™рования генома, так и в генетико-селекционной деятельности. Насыщение генетических карт дает возможность компилировать на карте большое число сегрегирующих локусов одной популяции практически до полного «насыщения» генома. В то же время, эффекты воздействия «генотип-среда» могут вызывать вариабельность, которая является основной причиной того, почему различные популяции некоторых видов не обязательно проявляют идентичную длину карт, а разница при этом может достигать 20%. Гены, локусы или даже целые районы хромосом, картированные у организма одного таксона, с достаточно высокой долей достоверности могут быть оценены и идентифицированы с помощью консервативных молекулярных маркеров, картированных у другого организма, как правило, из родственного таксона. Кроме того, если проведены тщательные межвидовые сравнения, то предсказания по расположению и картированию генов или QTL (quantitative trait loci), сделанные для одного вида, могут быть применены и к другому родственному ему виду.

Еще

Генетическая карта, длина карты, сравнительное картирование, организация генома

Короткий адрес: https://readera.ru/140223762

IDR: 140223762

Список литературы Некоторые аспекты построения генетических карт

  • Чесноков Ю.В. Картирование локусов количественных признаков у растений. СПб., ВИР. 2009. -100 с.
  • Жученко А.А., Король А.Б. Рекомбинация в эволюции и селекции. М.: Наука. 1985. -400 с.
  • Чесноков Ю.В. Молекулярно-генетические маркеры и их использование в предселекционных исследованиях. СПб: АФИ. 2013. -116 с.
  • Burr B., Burr F.A., Matx E.C., Romero-Severson J. Pinning down loose ends: mapping telomeres and factors affecting their length//The Plant Cell. -1992. -Vol. 4. -P. 953-960
  • Chakravarti A., Lasher L.A., Reefer J.E. A maximum likelihood method for estimating genome length using linkage data//Genetics. -1991. -Vol. 128. -P. 175-182
  • Hulbert S.H., Hott T.W., Legg E.J., Lincoln S.E., Lander E.S., Michelmore R.W. Genetic analysis of the fungus, Bremia lactucae, using restriction length polymorphism//Genetics. -1988. -Vol. 120. -P. 947-958
  • Gerber S., Rodolphe F. An estimation of the genome length of maritime pine (Pinus pinaster Ait.)//Theor. Appl. Genet. -1994b. -Vol.88. -P. 289-292
  • Burr B., Burr F.A. Recombinant inbreds for molecular mapping in maize//Trends Genet. -1991. -Vol. 7. -P. 55-60
  • Gardiner J.M., Coe E.H., Melia-Hancock S., Hoisington D.A., Chao S. Development of a core RFLP map using an immortalized F2 population//Genetics. -1993. -Vol. 134. -P. 917-930
  • De Vicente M.C., Tanksley S.D. Genome-wide reduction in recombination of backcross progeny derived from male versus female gametes in an interspecific cross of tomato//Theor. Appl. Genet. -1991. -Vol. 83. -P. 173-178
  • Graner A., Jahorr A., Schondelmaier J., Siedler H., Pileen K., Fishbeck G., Wenzel G., Herrmann R.G. Construction of an RFLP map of barley//Theor. Appl. Genet. -1991. -Vol. 83. -P. 250-256
  • Vizir I., Korol A.B. Sex difference in recombination frequency in Arabidopsis//Heredity. -1990. -Vol. 65. -P. 379-383
  • Rick C.M. Controlled introgression of chromosomes of Solanum penneli into Lycopersicon esculentum: segregation and recombination//Genetics. -1969. -Vol. 62. -P. 753-768
  • Bonierbale M.W., Plaisted R.L., Tanksley S.D. RFLP maps based on a common set of clones reveal modes of chromosomal evolution in potato and tomato//Genetics. -1988. -Vol. 120. -P. 1095-1103
  • Gebhardt C., Ritter E., Barone A., Debener T., Walkemeier B., Schachtschabel U., Kaufmann H., Thompson R.D., Bonierbale M.W., Ganal M.W., Tanksley S.D., Salamini F. RFLP maps of potato and their alignment with the homologous tomato genome//Theor. Appl. Genet. -1991. -Vol. 83. -P. 49-57
  • Paterson A.H., Lander E.S., Hewitt J.D., Peterson S., Loncoln S.E. Tanksley S.D. Resolution of quantitative traits into Mendelian factors by using a complete linkage map of restriction fragment length polymorphisms//Nature. -1988. -Vol. 335. -P. 721-726
  • Causse M.A., Fulton T.M., Cho Y.G., Ahn S.N., Chunwongse J., Wu K., Xiao J., Yu Z., Ronald P.C., Herrington S.E., Second G., McCouch S.R., Tanksley S.D. Saturated molecular map of the rice genome based on an interspecific backcross population//Genetics. -1994. -Vol. 138. -P. 12511274
  • Borts R.H., Haber J.E. Meiotic recombination in yeast: alteration by multiple heterozygosities//Science. -1987. -Vol. 237. -P. 1459-1465
  • Beavis W.D., Grant D. A linkage map based on information from F2 populations of maize (Zea mays L.)//Theor. Appl. Genet. -1991. -Vol. 82. -P. 636-644
  • Burr B., Burr F.A., Thompson K.H., Albertsen M.C., Stuber C.W. Gene mapping with recombinant inbreeds in maize//Genetics. -1988. -Vol. 118. -P. 519-526
  • Arumuganathan K., Earle E.D. Nuclear DNA content of some important plant species//Plant Mol. Biol. Rep. -1991. -Vol. 9. P. 208-218
  • Bennett M.D., Smith J.B. Nuclear DNA amount in angiosperms//Proc. R. Soc. Lond. B. -1991. -Vol. 334. -P. 309-345
  • Kaback D.B., Guacci V., Barber D., Mahon J.W. Chromosome size dependent control of meioic recombination//Science. -1992. -Vol. 256. -P. 228-232
  • Flavell R.B. Chromosome architecture: the distribution of recombination sites, the structure of ribosomal DNA loci and the multiplicity of sequences containing inverted repeats. In: Molecular Form and Function of the Plant Genome. Van Vloten-Dtin L., Groot G.S.P., Hall I.C. (eds.). NATO ASI, 83. Plenum Press. New York. -1985. -P. 1-14
  • Oliver S.G., Van der Aart Q.J., Agostoni-Garbone M.L., Aigle M., Alberghina L., Alexandraki D., Antoine G. et al. The complete DNA sequence of yeast chromosome III//Nature. -1992. -Vol. 357. -P. 38-46
  • Donner H.K. Genetic fine structure of the bronze locus in maze//Genetics. -1986. -Vol. 113. P. 1021-1036
  • Schmidt R., West J., Love K., Lenehan Z., Lister C., Thompson H., Bouchez D., Dean C. Physical map and organization of Arabidopsis thaliana chromosome 4//Science. -1995. -Vol. 270. -P. 480-483
  • Rocher J.P., Prioul J.L., Lecharny A., Reyss A., Joussaume M. Genetic variability in carbon fixation, sucrose-P-synthase and ADP glucose pyrophosphorylase in maize plants of differing growth rate//Plant Physiol. -1989. -Vol. 89. -P. 416-420
  • Slocum M.K., Figdore S.S., Kennard W.C., Suzuki J.Y., Osborn T.C. Linkage arrangement of restriction fragment length polymorphism loci in Brassica oleracea//Theor. Appl. Genet. -1990. -Vol. 80. -P. 57-64
  • Song K.M., Suzuki J.Y., Slocum M.K., Williams P.H., Osborn T.C. A linkage map of Brassica rapa (syn. campestris) based on restriction length polymorphism loci//Theor. Appl. Genet. -1991. -Vol.82. -P. 296-304
  • Kishimoto N., Higo H., Abe K., Arai S., Siato A., Higo G. Identification of the duplicated segments in rice chromosomes 1 and 5 by linkage analysis of cDNA markers of known functions//Theor. Appl. Genet. -1994. -Vol. 88. -P. 722-726
  • Blanc G., Barakat A., Guyot R., Cooke R., Denseny M. Extensive duplication and reshuffling in the Arabidopsis genome//Plant Cell. -2000. -Vol. 12. -P. 1093-1101
  • Grant D., Cregan P., Schoemaker R.C. Genome organization in dicots: genome duplication in Arabidopsis and synteny between soybean and Arabidopsis//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2000. -Vol. 97. -P. 4168-4173
  • Lyon M.F. Dunn and mouse genetic mapping//Genetics. -1990. -Vol. 125. -P. 231-236
  • Morizot D.C. Use fish gene maps to predict ancestral vertebrate genome organization. In: Isozymes: Structure, Function and Use in Biology and medicine. Ogita Z.I., Marker C.L. (eds.). Liss, Wiley, New York. -1990. -P. 207-234
  • Tanksley S.D., Ganal M.W., Prince J.P., De Vicente M.C., Bonierbale M.W., Broun P., Fulton T.M., Giovannoni J.J., Grandillo S., Martin G.B., Messeguer R., Miller L., Paterson A.H., Pinedo O., Roder M.S., Wing R.A., Wu W., Young N.D. High density molecular linkage maps of the tomato and potato genomes//Genetics. -1992. -Vol. 132. -P. 1141-1160
  • Lefebvre V., Palloux A., Caranta C., Pochard E. Construction of an intraspecific integrated linkage map of pepper using molecular markers and double haploid progenies//Genome. -1995. -Vol. 38. P. 112-121
  • Livingstone K.D., Lackney V.K., Blauth J.R., Van Wijk R., Jahn M.K. Genome mapping in Capsicum and the evolution of genome structure in the Solanaceae//Genetics. -1999. -Vol. 152. -P. 1183-1202
  • Tanksley S.D., Bernatzky R., Lapitan N.L., Prince J.P. Conservation of gene repertoire but not gene order in paper and tomato//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1988. -Vol. 85. P. 6419-6423
  • Weeden N.F., Muehlbauer F.J., Ladizinsky G. Extensive conservation of linkage relationships between pea and lentil genetic maps//J. Hered. -1992. -Vol. 83. -P. 123-129
  • Devos K.M., Atkinsin M.D., Chinoy C.N., Liu C.J., Gale M.D. RFLP-based genetic map of the homoeologous group 3 chromosomes of wheat and rye//Theor. Appl. Genet. -1992. -Vol. 83. -P. 931-939
  • Sharp P.J., Kreis M., Shewry P.R., Gale M.D. Location of p-amilase sequences in wheat and its relatives//Theor. Appl. Genet. -1988. -Vol. 75. -P. 286-290
  • Wang M.L., Atkinson M.D., Chinoy C.N., Devos K.M., Gale M.D. Comparative RFLP-based genetic maps of barley chromosome 5 1H and rye chromosome 1R//Theor. Appl. Genet. -1992. -Vol. 84. -P. 339-344
  • Melake-Berhan A., Hulbert S.H., Bultmer L.G., Bennetzen J.L. Structure and evolution of the genomes of sorghum bicolor and Zea mays//Theor. Appl. Genet. -1993. -Vol. 86. -P. 598-604
  • Whitkus R., Doebley J., Lee M. Comparative genome mapping of sorghum and maize//Genetics. -1992. -Vol. 132. -P. 1119-1130
  • Grivet L., DrHont A., Dufour P., Hamon P., Roques D., Glaszmann J.C. Comparative genome mapping of sugar cane with other species within the Andropogoneae tribe//Heredity. -1994. -Vol. 73. -P. 500-508
  • Ahn S., Anderson J.A., Sorrells M.E., Tanksley S.D. Homoeologous relationships of rice, wheat and maize chromosomes//Mol. Gen. Genet. -1993. -Vol. 241. -P. 483-490
  • Ahn S., Tanksley S.D. Comparative linkage maps of the rice and maize genomes//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1993. -Vol. 90. -P. 7980-7984
  • Kurata N., Moore G., Nagamura Y., Foote T., Yano M., Minobe Y., Gale M. Conservation of genome structure between rice and wheat//BioTechnology. -1994. -Vol. 12. -P. 276-278
  • Вавилов Н.И. Закон гомологических рядов в наследственной изменчивости. В: Теоретические основы селекции растений. М., Л. -1935. -Т.1. -C.75-128
  • Plaschke J., Boerner A., Xie D.X., Koebner R.M.D., Schlegel R., Gale M.D. RFLP mapping of genes affecting plant height and growth habit in rye//Theor. Appl. Genet. -1993. -Vol. 85. -P. 1049-1054
  • Bennetzen J.L., Freeling M. Grasses as a single genetic system: genome composition, collinearity and compatibility//Trends in Genet. -1993. -Vol. 9. -P. 259-261
  • Freeling M. Grasses as a single genetic system: reassessment//Plant Physiol. -2001. -Vol. 125. -P. 1191-1197
  • Asnaghi C., Paulet F., Kaye C., Grivet L., Deu M., Glaszmann J.C., Dr Hont A. Application of synteny across Poaceae to determine the map location of a sugar cane rust resistance gene//Theor. Appl. Genet. -2000. -Vol. 101. -P. 962-969
  • Robert L.S., Robson F., Sharpe A., Lyndiate D., Coupland G. Conserved structure and function of the Arabidopsis flowering time gene CONSTANS in Brassica napus//Plant Mol. Biol. -1998. -Vol. 37. -P. 763-772
Еще
Статья научная