Метаанализ геномных и интерактомных данных взаимодействия между хозяином и B. anthracis
Автор: Печковский Григорий Александрович, Абрамович Ална Владимировна, Котенева Елена Анатольевна
Журнал: Природные системы и ресурсы @ns-jvolsu
Статья в выпуске: 2 т.8, 2018 года.
Бесплатный доступ
Для получения омиксных данных используются разнообразные методики, на выходе этих экспериментов получаются разнородные по типу данные, которые, тем не менее, могут быть сведены к последовательностям (белков или генов) для их дальнейшего метаанализа. Предлагаемый алгоритм был реализован на языке python, и основан на использовании программы BLAST с запросом определенной сборки, последующего множественного выравнивания начальных и сгруппированных последовательностей. С помощью данного алгоритма были проанализированы последовательности белков B. аnthracis или H. sapiens из интерактома (IMEx IM-13779), полученные из базы данных Uniprot. В анализе использовались геномные данные 36 полных RefSeq геномов представителей B. cereus group ( B. anthracis, B. cereus, B thuringiensis, B. mycoides).
Мета-анализ, геном, интерактомные данные
Короткий адрес: https://sciup.org/149129635
IDR: 149129635 | DOI: 10.15688/jvolsu11.2018.2.12
Список литературы Метаанализ геномных и интерактомных данных взаимодействия между хозяином и B. anthracis
- Beyer, W. Anthrax in animals / W. Beyer, P. C. B. Turnbull // Molecular aspects of medicine. - 2009. - Vol. 30, № 6. - P. 481-489.
- The human-bacterial pathogen protein interaction networks of Bacillus anthracis, Francisella tularensis, and Yersinia pestis / M.D. Dyer, C. Neff, M. Dufford, et al. // PloS One. - 2010. - Vol. 5, № 8. - e12089.
- Transcriptional profiling of Bacillus anthracis during infection of host macrophages / N. H. Bergman, E. C. Anderson, E. E. Swenson [et al.] // Infection and immunity. - 2007. - Vol. 75, № 7. - P. 3434-3444.
