Анализ протеома доминирующих видов микроорганизмов в агробиоценозах Волгоградской области на наличие никель и кобальт зависимых белков

Автор: Крылов Павел Андреевич, Исаков Артем Сергеевич, Несмеянова Елена Николаевна, Бороздина Наталья Андреевна, Постнова Маргарита Викторовна, Новочадов Валерий Валерьевич

Журнал: Природные системы и ресурсы @ns-jvolsu

Рубрика: Биология и биотехнология

Статья в выпуске: 4 т.8, 2018 года.

Бесплатный доступ

Использование современных биоинформационных подходов для решения эколого-ориентированных задач обеспечивает получение новых данных, которые можно использовать для импактного управления агроценозами и экосистемами, восстанавливая их нарушения, обусловленные действием неблагоприятных факторов естественной и антропогенной среды. Данная работа направлена на выявление и определение никель и кобальт зависимых белков в доминирующих видах микроорганизмов агроценозе, что позволяет создать информационную базу для накопления и обработки сведений о закономерностях функционирования микроорганизмов в сельскохозяйственных системах аридной зоны, что будет способствовать повышению эффективности природопользования. Основной целью работы являлось изучение наличия никель и кобальт зависимых белков, входящих в протеом доминирующих видов микроорганизмов типичных агроценозов Волгоградской области. Никель и кобальт зависимые белки были разделены по функциональным особенностям, таких как участие в метаболизме, гидролитической активности, транспорте и регуляции экспрессии генов и синтезе белков. Результаты виртуального скрининга протеома доминирующих микроорганизмов рода Bacillus и Actinomyces в базе Uniprot, показали, что для почвенной микробиоты рассмотренного агроценоза также характерно достаточно большое количество металлзависимых белков: 264 - для представителей Рода Actinomyces и 564 - для Bacillus subtilis, из которых примерно 35-40 % аннотированы. Полученные результаты свидетельствуют, что концентрация металлов в почве агроценоза является значимым фактором воздействия на жизнедеятельность микроорганизмов в почве. Полученные результаты можно использовать как основу для осуществления адресного высокоточного управления биоценозами с целью повышения устойчивости природных сообществ и экономической эффективности агроценозов.

Еще

Агроценозы, протеом, никель, кобальт, металлзависимые белки, сельскохозяйственное природопользование, база данных

Короткий адрес: https://readera.org/149131448

IDR: 149131448   |   DOI: 10.15688/nsr.jvolsu.2018.4.3

Список литературы Анализ протеома доминирующих видов микроорганизмов в агробиоценозах Волгоградской области на наличие никель и кобальт зависимых белков

  • Дудченко, Л.В. Эффективный биологический способ подавления сорных растений в полезащитных лесных насаждениях / Л. В. Дудченко // Достижения науки и техники АПК. - 2012. - № 7. - С. 37-38.
  • Зубков, А.Ф. Агробиоценологическая модернизация защиты растений / А. Ф. Зубков. - СПб.: ВИЗР, 2014. - 116 c. - (Приложение к журналу «Вестник защиты растений», № 12).
  • Мушаева, К.Б. Оценка современного состояния агропастбищных ландшафтов полупустынной зоны республики Калмыкия с применением ГИС-технологий / К.Б. Мушаева // Вестник Волгоградского государственного университета. Серия 11, Естественные науки. - 2015. - № 1. - С. 103-110.
  • Снижение негативного воздействия на агроценозы путем управления примыкающими природно-антропогенными системами / Е.А. Иванцова [и др.] // Вестник Волгоградского государственного университета. Серия 3: Экономика. Экология. - 2017. - Т. 19, № 4 (41). - С. 138-146. - DOI: 10.15688/jvolsu3.2017.4.15
  • Трифонова, Т.А. Моделирование стационарных состояний системы фитоценоз-почва (на примере бассейна р. Клязьма) / Т.А. Трифонова, Л.А. Ширкин, Н.В. Мищенко // Почвоведение. - 2012. - № 8. - С. 889.
Статья научная