Алгебраические критерии локальной разрешимости и регулярности как инструмент исследования морфологии аминокислотных последовательностей
Автор: Журавлв Ю.И., Рудаков К.В., Торшин И.Ю.
Журнал: Труды Московского физико-технического института @trudy-mipt
Рубрика: Оригинальные статьи
Статья в выпуске: 4 (12) т.3, 2011 года.
Бесплатный доступ
В рамках алгебраического подхода к проблеме синтеза корректных алгоритмов по- строение алгоритмов распознавания основано в том числе на фундаментальных кри- териях разрешимости и регулярности исследуемой задачи. В настоящей работе про- ведён анализ критериев локальной разрешимости и регулярности одной из задач био- информатики - задачи распознавания вторичной структуры белка. Показано, что ре- гулярность (и, следовательно, разрешимость) локальной формы задачи определяется тупиковыми множествами наиболее информативных мотивов заданной размерности и протяжённости. Приведены результаты экспериментов, проведённых на выборке всех известных на сегодняшний день аминокислотных последовательностей. Установлены тупиковые множества мотивов, обеспечивающие регулярность локальной формы зада- чи при произвольном множестве прецедентов.
Короткий адрес: https://sciup.org/142185793
IDR: 142185793
Список литературы Алгебраические критерии локальной разрешимости и регулярности как инструмент исследования морфологии аминокислотных последовательностей
- Журавлев Ю.И. Теоретико-множественные методы в алгебре логики.//Проблемы кибернетики -1962. -Т. 8(1). -25-45.
- Журавлев Ю.И. Корректные алгебры над множествами некорректных (эвристических) алгоритмов. I//Кибернетика. -1977. -№ 4. -С. 5-17.
- Журавлев Ю.И. Корректные алгебры над множествами некорректных (эвристических) алгоритмов. II//Кибернетика. -1977. -№ 6. -С. 21-27.
- Журавлев Ю.И. Корректные алгебры над множествами некорректных (эвристических) алгоритмов. III//Кибернетика. -1978. -№ 2. -С. 35-43.
- Журавлев Ю.И. Об алгебраическом подходе к решению задач распознавания или классификации//Проблемы кибернетики. -Вып. 33. -М.: Наука, 1978. -С. 5-68.
- Журавлев Ю.И., Рудаков К. В. Об алгебраической коррекции процедур обработки (преобразования) информации//Проблемы прикладной математики и информатики. -М.: Наука, 1987. -С. 187-198.
- Рудаков К. В. Универсальные и локальные ограничения в проблеме коррекции эвристических алгоритмов//Кибернетика. -1987. -№ 2. -С. 30-35.
- Torshin I. Y. Bioinformatics in the Post-Genomic Era: The Role of Biophysics//NY: Nova Biomedical Books, 2006. -ISBN: 1-60021-048.
- Torshin I.Yu. Sensing the change from molecular genetics to personalized medicine//Bioinformatics in the Post-Genomic Era series. -Nova Biomedical Books, NY, USA, 2009. -ISBN 1-60692-217-0.
- Рудаков К. В., Торшин И.Ю. Вопросы разрешимости задачи распознавания вторичной структуры белка//Информатика и её применения. -Т. 4, № 2. -2010. -С. 25-35.
- Рудаков К. В., Торшин И.Ю. О разрешимости формальной задачи распознавания вторичной структуры белка//ММРО-14, Суздаль, 21-25 сентября, 2009. -С. 596-597.
- Рудаков К.В., Торшин И.Ю. Анализ информативности мотивов на основе критерия разрешимости в задаче распознавания вторичной структуры белка//Информатика и её применения. -2011. -№ 4.
- Рудаков К. В. О проблемах классификации значений признаков в задачах распознавания//Международная конференция «Интеллектуализация обработки информации» (ИОИ-8), Кипр, г. Пафос, 17-23 октября 2010 г.
- Berman H. M., Henrick K., Nakamura H. Announcing the worldwide Protein Data Bank//Nature Structural Biology. -2003. -V. 10, N 12. -P. 980-982.
- The UniProt Consortium. Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource//Nucleic Acids Res. 39: D214-D219. -2011.
